Evangelización y extirpación de idolatrías en América 

La labor evangelizadora tuvo como fin convertir a los indígenas en practicantes de la fe católica. Para ello buscaron la forma de acabar con las prácticas idolátricas que los vernaculares poseían, atacando a sus principales dioses y destruyendo todo signo de culto (huacas, apachetas, mallquis, etc.). Durante todo el siglo XVI los religiosos crearon una forma única para que los evangelizadores y doctrineros realicen su labor con efectividad. Sin embargo, los misioneros se daban cuenta que el culto a los dioses andinos como Pariacaca o Illapa continuaban, pese al esfuerzo de las órdenes religiosas por detenerlo. Frente a ello los doctrineros tomaron una decisión: se realizaría una caza de todos los ídolos y dioses andinos para la total erradicación del culto "idolátrico" en los Andes. En el siglo XVII se dieron tres campañas de extirpación de idolatrías y tuvieron los frutos esperados.

El virrey Francisco de Toledo fue el principal propugnador de perseguir a los hechiceros y dogmatizadores indígenas para quienes buscaban imponer el Santo Oficio de la Inquisición. Como se constata en diversos documentos, visitas y causas, los administradores del virreinato buscaron extirpar las idolatrías a las huacas. El virrey Toledo trató de hispanizar a un grupo privilegiado del Cuzco y sus alrededores para posteriormente ejercer control sobre el resto de las comunidades. Señalando que "la cultura andina era idolatría" impuso en 1581, la evangelización y política de edificar nuevos pueblos de indios con trazado europeo donde debían reasentarse las dispersas comunidades indígenas que pasaron a llamarse doctrinas.